(1) აღჭურვილობის შერჩევა. ფარმაცევტული აღჭურვილობის შერჩევასთან დაკავშირებით არსებობს გარკვეული პრობლემები, როგორიცაა გამოცდილების საფუძველზე შერჩევა (ფაქტობრივი გაანგარიშების გარეშე ან მონაცემების არასაკმარისი გაანგარიშებით), წინსვლის ბრმა დევნა და ფიზიკური მონაცემების არასაკმარისი კვლევა, რაც სერიოზულად მოქმედებს აღჭურვილობის პრაქტიკულობასა და ეკონომიურობაზე.

(2) აღჭურვილობის მონტაჟი და ტრენინგი. ფარმაცევტული აღჭურვილობის მონტაჟის პროცესში ხშირად ყურადღება ექცევა მშენებლობის პროგრესს და უგულებელყოფენ მშენებლობის ხარისხს, რაც იწვევს აღჭურვილობის მოვლა-პატრონობის ხარჯების ზრდას შემდგომ პერიოდში. გარდა ამისა, აღჭურვილობის მოვლა-პატრონობისა და ექსპლუატაციის პერსონალის არასაკმარისი ტრენინგი ასევე რისკავს ფარმაცევტული აღჭურვილობის მართვასა და მოვლა-პატრონობას.

(3) ინფორმატიზაციის მართვასა და შენარჩუნებაში არასაკმარისი ინვესტიციები. დღესდღეობით, მიუხედავად იმისა, რომ ბევრი საწარმო დიდ მნიშვნელობას ანიჭებს აღჭურვილობის მართვასა და მოვლა-პატრონობას, ასევე აღჭურვილობის მოვლა-პატრონობის ჩანაწერების მართვასა და ძირითადი პარამეტრების აღრიცხვას და ზოგიერთი მათგანის გაკეთებას, მაინც არსებობს გარკვეული პრობლემები, როგორიცაა მუდმივი მოვლა-პატრონობის მონაცემების მიწოდების სირთულე, ფარმაცევტული აღჭურვილობის სპეციფიკაციების ეფექტური ინფორმაციის ნაკლებობა, როგორიცაა სპეციფიკაციები, ნახაზები და ა.შ., ეს უხილავი ზრდის აღჭურვილობის მართვის, მოვლა-პატრონობისა და რეკონსტრუქციის სირთულეს.

(4) მართვის სისტემა. ეფექტური მართვის სისტემისა და მეთოდების არარსებობის შედეგად, ფარმაცევტული აღჭურვილობის ტექნიკური მომსახურების პერსონალის მართვა არასაკმარისია, ტექნიკური მომსახურების პერსონალის მუშაობის სტანდარტიზაციის ნაკლებობა, ფარმაცევტული აღჭურვილობის მართვისა და ტექნიკური მომსახურების პროცესი უსაფრთხოების ფარულ საფრთხეებს ქმნის.